El Estuario Reloncaví es un área de gran importancia para la acuicultura en Chile, especialmente para el cultivo de salmones y de mitílidos www.subpesca.cl/carto_acuic3.htm.. Actualmente la industria salmonera se encuentra en vías de recuperación, luego del fuerte impacto negativo que diversas enfermedades virales tuvieron sobre el recurso.

El rango de mareas en el exterior del fiordo puede llegar a 12 m [Cáceres, et al., 2003], mientras que en su interior varía entre 6 y 7 m (en sicigia) y del orden de 1 m (en cuadratura), con un régimen semi-diurno, donde la amplitud de la componente armónica M₂ es de 1,80 m, mucho mayor que las respectivas componentes diurnas.

El fiordo Reloncaví presenta durante el verano un capa superficial de 5-20 m de profundidad de mayor temperatura (~11°C), baja salinidad (~25) y alta concentración de oxígeno (~5mL L-1), y una capa profunda de menor temperatura (~11°C), alta salinidad (32-32.5) y menor concentración de oxígeno (3-5 mL L-1) (Carrasco y Silva 2005, 2006). Durante invierno, las temperaturas en la capa superficial son menores a 8°C mientras que en las capas más profundas, las temperaturas se mantienen con valores ligeramente mayores que 11°C. Observaciones recientes, realizadas entre junio de 2006 y febrero de 2007 con instrumentos anclados, confirman que bajo la capa de agua superficial relativamente dulce existe un flujo medio hacia el interíor del fiordo con un máximo ubicado entre 15 y 25 m de profundidad.La magnitud de velocidad media, a esta profundidad, fue cercana a 3 cm s^-1 en la boca del fiordo reduciéndose a ~1,5 cm s^-1 en el centro del fiordo frente a la desembocadura del río Puelo. En las cercanías de Cochamó, donde el ancho del fiordo se reduce abruptamente, el perfil promedio de corriente presentó una estructura vertical similar, con una capa superficial con velocidades hacia la boca del fiordo (~5 cm ^-1 a 5 m de profundidad) y una corriente promedio muy débil hacia la cabeza del fiordo con valores entre 1 y 2 cm ^-1. Además, las corrientes mostraron importantes oscilaciones de baja frecuencia (períodos entre 2 y 15 días) con una compleja estructura vertical. Estas fluctuaciones pueden estar asociadas a cambios importantes en los vientos, en los caudales de los efluentes y a perturbaciones al exterior del fiordo. Estas fluctuaciones, pueden jugar un rol significativo en las propiedades hidrográficas y en la calidad del agua de una región particular del fiordo. Por otra parte, la mezcla turbulenta es n proceso clave en la dinámica de los fiordos, este está relacionado con el transporte vertical (y diapícnico) de substancias disueltas (sal, nutrientes, oxígeno, etc) y en suspensión, afectando a  su vez, la circulación media del fiordo [Farmer and Freeland, 1983]. La cuantificación de los procesos relevantes que contribuyen a la mezcla diapícnica es un aspecto fundamental que debe ser abordado en el presente contexto. Finalmente, Léon [2005] establece que los fenómenos de disminución de oxígeno disuelto y alza en los valores de salinidad en los primeros 60 m de la columna de agua responden directamente a anomalías negativas del caudal del río Puelo.

Es probable que el desconocimiento del ambiente haya llevado a errores en el manejo del fiordo. Estudios recientes han alertado sobre los probables efectos de la acuicultura en el balance del estuario, especial preocupación es el aporte extra de nutrientes y sus efectos sobre el ecosistema [Soto and Norambuena, 2004], por otra parte condiciones extremas (como la hipoxia) pueden ser promovidas por procesos físicos naturales [Valle-Levinson, et al., 2007], sin embargo, la escasa información oceanográfica en esta área hace prácticamente imposible discriminar entre efectos antrópicos y naturales.

Antecedentes del área

 El estuario Reloncaví es un fiordo típico de zonas templadas ubicado en la región norte de fiordos de Chile (41° 22’ to 41° 45’ S; 72° 20’ to 72° 39’ W), con una longitud aproximada de 55  km y un ancho de 3 km en su parte más ancha. La profundidad máxima es de 460 m en la boca, 150 m en la región media y 100 m en la cabeza, y un área superficial de aproximadamente 170 km². Estudios paleo-geológicos revelan que la geomorfología del estuario se ajusta a un fiordo [Aracena, 2005; Araya-Vergara, et al., 2008].El aporte de agua dulce provenirte de los ríos Petrohué y del río Puelo presenta un marcado ciclo anual con máximos en invierno y mínimos durante el verano. El río Petrohué se ubica cerca de la cabeza del fiordo y posee una descarga anual de 280 m^{3 -1} [Léon, 2005], mientras que el río Puelo, se encuentra ubicado en centro del fiordo con descarga anual de 650 m^{3 -1} (Milliman et al. 1995). La precipitación de esta área oscila entre 1800 y 3400 mm (Iren, 1974).  El viento en la zona muestra una estacionalidad bien definida. Los vientos norte dominan durante primavera y verano y tienden a ser más débiles que los vientos en invierno, que fluyen predominantemente desde el sur. Vientos norte esporádicos durante primavera-verano pueden alcanzar los 10-15 m s^-1 (Cáceres et al., 2002). Recientes observaciones al interior del fiordo indican que los vientos durante primavera-verano tienden a dirigirse hacia la cabeza del fiordo, mientras que durante otoño-invierno los vientos predominantes se dirigen hacia la boca [Castillo, et al., in review 2010].